2018년 서울대학교 연구소 평가 결과 수학연구소가 이공계 개별연구소 32곳 중에 4위로 최우수(A1)등급을 받았다.
수학연구소와 함께 최우수 등급을 받은 유전공학연구소, 화학공정신기술연구소, 신소재공동연구소, 반도체공동연구소, 건설환경종합연구소, 차세대융합기술연구원, 암연구소 등 총 7개 연구소 모두 자원이 풍부하고 규모가 큰 연구소임을 감안할 때 수학연구소의 최우수 등급 획득은 더욱 가치 있는 결과라 할 수 있다.
서울대학교는 3년에 한 번씩 외부 인사를 포함한 평가위원회를 구성하여 교내 연구소를 대상으로 연구소 활동과 실적을 평가하고 있다. 수학연구소는 수리과학부 교수들이 겸임연구원으로 참여하고 있으며, 수학연구소의 주요 미션인 (i)우리나라 수리과학분야의 리서치 허브로서의 역할 (ii)산학협력의 활성화를 통한 수학적 원천기술 개발 (iii)연구소 자체 개발 지능화 e-Learning 시스템 UNIMe(University Mathematics e-learning)의 보급 등에 심혈을 기울이고 있다. 이러한 노력의 결과로 지난 다섯 번의 평가 결과 2007년 최우수, 2009년 우수, 2012년 최우수, 2015년 최우수, 2018년 최우수 등급을 획득하였다.