1990. 01. 서울대학교 자연과학대학 부설 연구소로 발족
1995. 10. 삼성전자(주) 프로그램 위탁사업(1996. 10 까지)
1996. 05. 홍콩 씨티대학교와 학술교류 협정 체결
1996. 07. 현대미디어시스템(주) 용역사업(1998. 05 까지)
1997. 02. 일본 와세다대학과 학술교류 협정 체결
1998. 01. 일본 도쿄대학교와 학술 교류 협정 체결
1999. 10. 엘케이에프에스(주) 용역 사업(2000. 09 까지)
2000. 03. 한국정보보호센터 용역 사업(2001. 11 까지)
2000. 03. 중소기업청 중소기업 기술혁신개발사업 위탁 사업(2000. 12까지)
2000. 05. 산업자원부 기술기반조성사업(2003. 06 까지)
2000. 06. 보건복지부 보건의료기술연구 개발사업 참여(2001. 04 까지)
2000. 09. 서울대학교 학칙 개정에 따라 본교 직할 연구소로 편성
2000. 11. 정보통신부 정보통신산업기술개발사업 위탁 사업(2001. 10까지)
2000. 12. 우리기술(주) 용역 사업(2001. 02 까지)
2003. 05. 한국전자통신연구원 용역 사업(2003.11 까지)
2003. 05. 연구소 내 ‘전산수학연구센터(I-TEC,Institute for Theory and Education of Computing)’ 설립
2003. 06. 서울대 자연대학 Webwork 시스템 개발
2003. 06. 한국마이크로소프트 용역 사업(진행 중)
2003. 07. 한국정보보호진흥원 용역 사업(2003. 12 까지)
2003. 07. 고등과학원 용역 사업(2004.04 까지)
2003. 07. 연구소 내 작용소이론과 대수연구실(RLOTA) 설립
2003. 07. KOSEF 선도기초과학연구실 사업(진행 중)
2003. 07. 연구소 응용수학연구부 내 ‘전산수학센터’ 설립
2004. 07. 연구소 내 ‘정보보호 및 암호보호센터(Information Security and Cryptology Research Center: ISaC)’ 설립
2004. 09. 서울대학교 연구처 E-learning 관련 연구개발 사업 (진행 중)
2004. 09. 연구소 내 ‘고등수학교육센터(Center for Advanced Mathematics Education: CAME)’ 설립
2004. 09. 학술진흥재단 기초과학연구 지원사업(진행 중)
2004. 10. 암호검증제도 추진 전문가 그룹회의 개최
2004. 11. SK텔레콤 용역 사업(2005. 05 까지)
2004. 11. 서울대학교 기초교육원 VOD강의 시스템 및 Web-Work 과제물 시스템 개발 및 운영사업(2004. 12 까지)
2005. 06. 한국마이크로소프트 용역 사업(2007. 05 까지)
2005. 07. 학술진흥재단 지원사업(2건, 2006. 06 까지) 
2005. 12. 학술진흥재단 지원사업(2건, 2006. 11 까지) 
2006. 01. (주)KT 용역 사업(2006. 12 까지)
2006. 01. 미공군 용역 사업(2006. 12 까지)
2006. 03. 한국과학재단 지원사업(3건, 2007. 02 까지)
2006. 04. 2006년 교양수학을 위한 WebWork 과제물 시스템 및 VOD 강좌 개발 사업(2007. 02 까지)
2006. 07. 학술진흥재단 지원사업(2건, 2007. 06 까지)
2006. 07. 교육인적자원부 특성화 사업- 수학 인터넷과제물시스템 구축 (2007. 05 까지)
2006. 11. 수학 인터넷과제물 SNUMe 시스템 1차 제작 완료
2006. 12. 학술진흥재단 지원사업(2007. 11 까지) 
2007. 02. 한국정보보호학회 용역 사업(2007. 11 까지)
2007. 06. 교육인적자원부 특성화 사업- e-Learning 시스템 구축 및 적용 (2008. 04 까지)
2007. 06. 한국전자통신연구원 용역 사업(2007. 11 까지)
2007. 07. 학술진흥재단 지원사업(2건, 2008. 06 까지)
2007. 08. 학술진흥재단 지원사업(2008. 07 까지)
2007. 09. 한국과학재단 지원사업(2008. 08 까지)
2007. 12. 학술진흥재단 지원사업(2건, 2008. 11 까지)
2008. 02. 한국정보보호학회 용역 사업(2008. 11 까지)
2008. 03. 한국과학재단 지원사업(3건, 2009. 02 까지)
2008. 05. 교육인적자원부 특성화 사업- e-Learning 시스템 구축 및 적용 (2009. 02 까지)
2008. 05. 한국과학재단 지원사업(5건, 2009. 02 까지)
2008. 06. 한국전자통신연구원 용역 사업(2008. 11 까지)
2008. 07. 서울대학교 기획연구과제 ‘수학연구소 융합학문허브화 방안 연구’(2010. 08 까지)
2008. 09. 한국과학재단 지원사업(2건, 2009. 08 까지)
2008. 10. 한국전력 지원사업(2009. 09 까지)
2008. 11. 학술진흥재단 지원사업(2009. 10 까지)
2008. 12. 학술진흥재단 지원사업(2009. 09 까지)
2009. 02. 한국정보보호학회 용역 사업(2009. 11 까지)
2009. 03. 교육과학기술부 교육역량강화사업(2010. 02 까지)
2009. 03. 한국과학재단 지원사업(3건, 2010. 02 까지)
2009. 05. 한국과학재단 지원사업(2010. 02 까지)
2009. 05. 한국연구재단 지원사업(2건, 2010. 04 까지)
2009. 06. 한국전자통신연구원 용역 사업(2009. 11 까지)
2009. 06. 산학협동재단 용역 사업(2010. 05 까지)
2009. 07. 서울대학교 연구처 ‘첨단 금융수학 연구 및 교육’(2010. 08 까지)
2009. 07. 한국과학창의재단 용역 사업(2010. 02 까지)
2009. 07. 한국연구재단 지원사업(2010. 06 까지)
2009. 09. (주)아이싸이랩 용역 사업(2010. 02 까지)
2009. 09. 한국과학재단 지원사업(2건, 2010. 08 까지)
2009. 10. 한국전력 지원사업(2010. 09 까지)
2009. 11. 한국연구재단 지원사업(2010. 10 까지)
2009. 11. 국가수리과학연구소 지원사업(2009. 12 까지)
2009. 12. 한국연구재단 지원사업(2010. 11 까지)
2010. 01. 서울대 기초교육원 입학전교육 자동화서비스 구축(2010. 02 까지)
2010. 02. 삼성전자 지원사업(2010. 08 까지)
2010. 02. 국가수리과학연구소 지원사업(2010. 12 까지)
2010. 03. 한국연구재단 지원사업(4건, 2011. 02 까지)
2010. 03. 교육과학기술부 교육역량강화사업(2011. 02 까지)
2010. 04. 한국과학창의재단 용역 사업(2011. 01 까지)
2010. 05. 한국연구재단 지원사업(3건, 2011. 04 까지)
2010. 07. 한국연구재단 지원사업(2011. 06 까지)
2010. 09. 한국연구재단 지원사업(5건, 2011. 08 까지)
2010. 11. 한국연구재단 지원사업(2011. 10 까지)
2010. 12. 한국연구재단 지원사업(2011. 11 까지)